Es wird angenommen, dass die Deutschen während des Zweiten Weltkrieges ca. 6 Mio. europäischer Juden vernichtet haben. Die geplante Vernichtung der jüdischen Bevölkerung begann im Jahre 1941 zusammen mit dem Angriff Deutschlands auf die Sowjetunion. Im Dezember 1941 haben die Deutschen das erste Vernichtungslager Kulmhof in Betrieb genommen. Die Häftlinge wurden in den Lastwagen untergebracht, die so aufgebaut wurden, dass die Auspuffgase nach innen abgeführt wurden und zur Erstickung der Insassen führten. Im Januar 1942 wurde in Wannsee bei Berlin die geheime Entscheidung bezüglich der Durchführung der „endgültigen Lösung der Judenfrage“ d.h. der Vernichtung der europäischen Juden, heute als Holocaust genannt, getroffen.

Die ersten umfassenden Informationen über den Ausmaß der Verfolgungen jüdischer Bevölkerung in Polen wurden der Öffentlichkeit von Jan Karski übermittelt, der in den Jahren 1940-1942 seine Berichte in den Westen schmuggelte, die er im Auftrag des Polnischen Untergrundstaates vorbereitete. Einen Bericht über die Funktionsweise des Konzentrationslagers hat Witold Pilecki, der im KZ Auschwitz die Konspiration organisierte, nach seiner Flucht im Jahre 1943 erfasst.

Es wurde beschlossen, zuerst die im Generalgouvernement lebenden Juden zu vernichten (Aktion „Reinhardt”). In den nächsten Monaten wurden in den Vernichtungslagern in Belzec (seit März 1942), Sobibor (seit Mai 1942) und Treblinka (seit Juli 1942) 1,5 Mio. Juden vergast. Im letzten Lager sind innerhalb von 46 Tagen der Deportationen mindestens 250 000 Juden aus dem Warschauer Ghetto ums Leben gekommen. Zum Symbol des Heroismus in diesen tragischen Zeiten ist der Warschauer Pädagoge Janusz Korczak geworden. Obwohl er die Möglichkeit hatte, auf die „arische“ Seite zu wechseln, beschloss er, das Schicksal seiner Schützlinge aus dem jüdischen Waisenhaus zu teilen und wurde mit ihnen in Treblinka ermordet. Nach Treblinka wurden auch Juden aus Deutschland, Österreich, Frankreich, Belgien, Jugoslawien, Griechenland und aus der UdSSR gebracht. Adam Czerniaków, Vorsitzender des Warschauer Judenrates, des grundlegenden Vollstreckungsgliedes für die Anweisungen der deutschen Regierung, hat sich für Selbstmord entscheiden, weil er die deutschen Befehle bezüglich der Transporte in die Konzentrationslager nicht ausführen wollte. Kurz vor dem Tod schrieb er: „Sie verlangen von mir, dass ich mit meinen eigenen Händen die Kinder meines Volkes töte. Es bleibt mir nichts anderes übrig, als zu sterben.“

Die organisierte und großangelegte Vernichtung der jüdischen Bevölkerung fand in überwiegendem Maße auf den besetzten Gebieten Polens statt. Den Schätzungen zufolge lebten zum 1. September 1939 ca. 3,47 Mio. Juden in Polen, was ca. 10% der gesamten Bevölkerung Polens ausmachte. Heutzutage wird die Anzahl polnischer Juden, die dem Holocaust zum Opfer gefallen sind, auf ca. 2,9-3 Mio. geschätzt.